在秦始皇陵东侧有一道人工改造的鱼池水。按《水经注》记载：“水出骊山东北，本导源北流，后秦始皇葬于山北，水过而曲行，东注北转，始皇造陵取土，其地于深，水积成池，谓之鱼池也……池水西北流途经始皇冢北。”可见鱼池水原来是出自骊山东北，水由南向北流。后来修建秦始皇陵时，在陵园西南侧修筑了一条东西向的大坝，坝长1000余米，一般宽40多米，最宽处达70余米，残高2至8米，它就是通常所说的五岭遗址。正是这条大坝将原来出自骊东北的鱼池水改为西北流，绕秦始皇陵东北而过。

此外，在陵园东侧，有川流不息的温泉水经过。据《水经注》记载：“在鱼池水西南有温泉水，世以疗疾”。《三秦记》载：“郦山西北有温泉。”可见当年的温泉与西北的鱼池水相对应。南面背山，东西两侧和北面形成三面环水之势。“依山环水”正是秦始皇陵最主要的地理特征出于现实和心理的双重需要，古人常选择地势较高、环境优美的地方来设置陵寝，特别是帝王陵。秦始皇执政于都城咸阳，但陵园却选在远离咸阳的骊山之阿。之所以这样做，据北魏时期的郦道元解释：“秦始皇大兴厚葬，营建冢圹于骊戎之山，一名蓝田，其阴多金，其阳多美玉，始皇贪其美名，因而葬焉。”

郦道元的观点得到学术界多数学者的肯定。不过也有学者提出过异议，持否定意见的一方认为，秦始皇陵选在骊山之一是取决于当时的礼制，二是受“依山造陵”传统观念的影响。

秦始皇先祖及宣太后的陵园葬在临潼县以西的芷阳一带，秦始皇陵园选在芷阳以东的骊山之阿是当时的礼制所决定的，因为古代帝王陵墓往往按照生前居住时的尊卑、上下排列。《礼记》、《尔雅》等书记载：“南向、北向、西方为上”。“西南隅谓这奥，尊长之处也”。东汉《论衡》一书记载得更为明确：“夫西方，长者之地，尊者之位也，尊者在西，卑幼在东……夫墓，死人所藏；田，人所饮食；宅，人所居处，三者于人，去凶宜等。”即在芷阳的宣太后也希望其陵墓能葬在她丈夫与儿子之间，即“西望吾夫，东望吾子”，似乎亦是按尊长在西、卑幼居东的原则。秦始皇先祖已确知葬在芷阳的有秦昭襄王、秦庄襄王和秦宣太后。既然先祖墓均葬在临潼县以西，作为晚辈的秦始皇只能埋在芷阳以东了。作壁上观若将陵墓定在芷阳以西，显然有悖于传统礼制，所以秦始皇陵园选在骊山脚下完全符合晚辈居东的礼制。

另有学者研究认为，秦始皇帝陵选址骊山北麓，脱离其祖父和父亲陵园而另辟新园的做法，是其一墓独尊思想的反映。嬴政完成统一大业后自认为“德兼三皇，功过五帝”，因而将自己的陵墓独立出来，以显示其地位的特殊与尊贵。此外，从堪舆学上讲，秦始皇帝陵南有骊山，北有渭河，是“背倚山峰，面临平原”的“山冲”之地，恰恰处于骊山北坡大水沟与风王沟之间的开阔地带，位当渭河南岸三级阶地与骊山山地之间的台塬上，不但地势较东西为高，而且受东西两侧水流的拱卫，是一处极为理想的墓地。